想不想几分钟画出封面这种酷炫的3D网络图?

2018-07-06阅读
http://5b0988e595225.cdn.sohucs.com/images/20180706/b9e375a340bb49d38fe7c9b301cbd75c.jpeg

我们知道在发表文章的时候,酷炫的图能为文章增分不少,今天我们就介绍一个简单好用的在线工具,来看看怎么把分子间的互作图做的更漂亮。

这个工具是OmicsNet:http://www.omicsnet.ca

我们先看看使用OmicsNet做出来的图:

是不是比String数据库直接导出来的图要好看多了?

而且这个工具不仅可以展示蛋白-蛋白之间互作,还可以加上miRNA、转录因子和代谢物哦:

下面我们就用网站自带的案例来演示一下,首先是基因或者蛋白数据,单击红框Genes/proteins打开输入框,然后直接单击左下角的use our example data:

我们可以看到数据已经自动导入,数据时基因的Entrez ID和logFC,然后单击Upload。

接下来用同样的方式我们选择转录因子(Tranion factor):

选择miRNA:

选择代谢物:

这样我们就用网站自带的数据上传了基因(蛋白)、转录因子、miRNA和代谢物这四个信息了,然后我们单击最下面的proceed:

然后在下面的界面调整顺序和使用的数据库,这里我们选择蛋白-蛋白为--,miRNA和gene互作为1,代谢物-蛋白为2, 转录因子-基因为3:

然后单击submit,结果在新的界面里就出现了这个图:

右侧是展示窗口,图像可以拖动旋转,因为这个网络图是3D动态的,左侧和上端是调整窗口,

我们可以进行调整展示哪张network、layout等参数,也可以选择不同类型分子的颜色。当我们单击左侧某个分子的时候就会自动将这个分子调整到视野中心:

而在展示窗口则可以设置不同的展示模式,默认展示的是标准模式:

分层模式:

箭头分别指向了代谢物——黄色、基因(蛋白)——红色,miRNA-lanse和转录因子——绿色。

球面模式:

最后的小灯泡是给分子点亮:

另外还可以提取核心模块:

好了,工具就简单介绍到这里,大家赶快自己试一下吧。

ref:

OmicsNet: a web-based tool for creation and visual analysis of biological networks in 3D space.Nucleic Acids Res. 2018 Jun 7. doi: 10.1093/nar/gky510.

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