短短两个月“灌”了十多篇主刊,这个网站真的无比强大

2018-07-09阅读
http://5b0988e595225.cdn.sohucs.com/images/20180709/ed802761b75548d3a74dd17a397d462b.jpeg

前些天,笔者已经连续推送了两篇稿件;。当时写第一篇预测相变(Phase Separation)这个概念要大火之后,笔者还在担心自己的预测是否会出现错误,毕竟一个研究方向是否成为热点不是我一个小小的人物所能预言的,但是当写上一篇稿子讲述6月21日发表的两篇关于相变的主刊时,我已经很有信心相变这个概念在未来肯定是一个热点。果不其然,6月28日,cell杂志再次刊登一篇关于相变的文章。

这篇文章揭示了相变发生的一些基本规律,当目标蛋白序列上富含谷氨酸时,发生相变后它更趋向于形成液滴状,但是当富含谷氨酰胺时,发生相变后更趋向于形成固态状,这为疾病的发生和研究相变过程提供一个可用的规律。

你以为这就完了,相变这个热点可是具有持续生命力的,7月4日,nature杂志上发表文章称:在有丝分裂过程中,激酶DYRK3能够控制无膜细胞器的相变过程。

在随后的一天,7月5日,science杂志上同样发表了一篇有关相变的文章。

这篇文章讲述的是DNA能够诱导cGAS发生相变从而来活化固有免疫信号。如果熟悉天然抗病毒信号的同学应该都知道,DNA活化cGAS已经是人尽皆知的事情,为什么这种大家都知道的信号通路能再次发表在主刊上呢,主要还是因为它扯上了相变这个概念。

看到这里,不少人估计想问,既然这个概念如此火爆,那研究起来应该比较困难吧。其实大家看看上面三篇文章的作者署名就应该可以看出,每篇文章的作者数目都不多,由此可见,至少在文章的复杂程度上应该比不上一些传统领域的研究。

究竟该怎么做呢?我们先从文章中来找找思路,在这些文章中,很多都存在这个一个预测蛋白是否存在能够发生相变的无序区(IDR)

如果蛋白具有这样一段无序区,那就暗示该蛋白能够发生相变转换,这是搭上相变这个概念最关键的一步。怎么预测这段无序区呢?文章中也提到了,应用IUPred这个网站,下面我仔细给大家讲讲如何运用IUPred。

1. 进入IUPred网站,网址为:https://iupred2a.elte.hu/。

2. 查询cGAS的蛋白编号或者是蛋白序列,通过uniprot查询到cGAS的蛋白编号为Q8N884。

3. 在图示位置输入Q8N884或者cGAS蛋白序列。

4. 点击Submit,获得以下结果。

5. 我们可以看到红色和蓝色两条线,蓝色那条是ANCHOR2预测结果,红色表示IUPred2预测结果,点击右上角ANCHOR2即可获得IUPred2预测的这一条趋势线。

在分值为0.5的地方有一条横线,在它上方表示无序区,从这张图中我们可以看出,cGAS的前面100多个氨基酸为无序区。

这种预测方法是否可行呢?结合这篇文章我们可以看到,当去掉N端100对个氨基酸后,DNA就不能诱导cGAS发生相变。这就表明预测N端这100多个氨基酸为无序区是可靠的。

一站在手,文章我有,快来试试这个网站,搞不好与相变搭上关系还能发篇相当不错的文章。

Powered by 搜狐快站